home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Shareware Overload Trio 2 / Shareware Overload Trio Volume 2 (Chestnut CD-ROM).ISO / dir26 / med9406b.zip / M9460218.TXT < prev    next >
Text File  |  1994-06-12  |  3KB  |  44 lines
  1.        Document 0218
  2.  DOCN  M9460218
  3.  TI    Energy calculations and analysis of HIV-1 protease-inhibitor crystal
  4.        structures.
  5.  DT    9408
  6.  AU    Gustchina A; Sansom C; Prevost M; Richelle J; Wodak SY; Wlodawer A;
  7.        Weber IT; Macromolecular Structure Laboratory, NCI-Frederick Cancer;
  8.        Research and Development Center, MD 21702.
  9.  SO    Protein Eng. 1994 Mar;7(3):309-17. Unique Identifier : AIDSLINE
  10.        MED/94233033
  11.  AB    The interactions between HIV-1 protease and its bound inhibitors have
  12.        been investigated by molecular mechanics calculations and by analysis of
  13.        crystal structures of the complexes in order to determine general rules
  14.        for inhibitor and substrate binding to the protease. Fifteen crystal
  15.        structures of HIV-1 protease with different peptidomimetic inhibitors
  16.        showed conservation of hydrogen bond interactions between the main chain
  17.        C = O and NH groups of the inhibitors and the C = O and NH groups of the
  18.        protease extending from P3 C = O to P3' NH. The mean length of the
  19.        hydrogen bonds between the inhibitor and the flexible flaps and the
  20.        conserved water molecule (2.9 A) is slightly shorter than the mean
  21.        length of hydrogen bonds between the inhibitor and the more rigid active
  22.        site region (3.1 A) of the protease. The two hydrogen bonds between the
  23.        conserved water and P2 and P1' carbonyl oxygen atoms of the inhibitor
  24.        are the shortest and are predicted to be important for the tight binding
  25.        of inhibitors. Molecular mechanics analysis of three crystal structures
  26.        of HIV-1 protease with different inhibitors with independent
  27.        calculations using the programs Discover and Brugel gave an estimate of
  28.        56-68% for the contribution of all the inhibitor main chain atoms to the
  29.        total calculated protease-inhibitor interaction energy. The contribution
  30.        of individual inhibitor residues to the interaction energy was
  31.        calculated using Brugel. The main chain atoms of residue P2 had a
  32.        consistently large favorable contribution to the total interaction
  33.        energy, probably due to the presence of the two short hydrogen bonds to
  34.        the flexible flap.(ABSTRACT TRUNCATED AT 250 WORDS)
  35.  DE    Amino Acid Sequence  Chemistry, Physical  Crystallization  Hydrogen
  36.        Bonding  HIV Protease/*CHEMISTRY/METABOLISM  HIV Protease
  37.        Inhibitors/*CHEMISTRY/METABOLISM  HIV-1/*ENZYMOLOGY  Models, Molecular
  38.        Molecular Sequence Data  Support, U.S. Gov't, P.H.S.  Thermodynamics
  39.        JOURNAL ARTICLE
  40.  
  41.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  42.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  43.  
  44.